Η συνέχεια της Κλημεντίνης ήρθε ύστερα από 4 χρόνια, όταν στις 6/1/98 εκτοξεύθηκε η διαστημική αποστολή Lunar Prospector.

Ο Lunar Prospector, που σχεδιάστηκε με γνώμονα την αξιοπιστία και το χαμηλό κόστος, είχε σκοπό την συλλογή πληροφοριών για την Σελήνη που αφορούσαν την χημική σύσταση της επιφανείας, τον εντοπισμό σεληνιακών ενεργειακών πηγών, το μαγνητικό και βαρυτικό της πεδίο και τέλος τον πιθανό εντοπισμό πιδάκων αερίων. Για τον σκοπό αυτό το διαστημόπλοιο δεν μετέφερε κάμερες παρά μόνο όργανα μετρήσεων. Έτσι θα συμπληρώνονταν τα δεδομένα από προηγούμενες αποστολές και θα γινόταν δυνατή η κατανόηση της προέλευσης, της εξέλιξης και της τωρινής κατάστασης του φεγγαριού.

Στο κύριο μέρος της αποστολής το Lunar Prospector επί ένα έτος και από ύψος 100km χρησιμοποιώντας τα όργανα που μετέφερε (φασματογράφο ακτινών γ, φασματογράφο νετρονίων, φασματογράφο σωματιδίων α, μετρητή ανακλώμενων ηλεκτρονίων και μαγνητόμετρο) συνέλεγε στοιχεία για την κατασκευή ενός χάρτη που θα απεικόνιζε την χημική σύνθεση του σεληνιακού εδάφους. Αφού ολοκληρώθηκε η βασική φάση της αποστολής, οι υπεύθυνοι αποφάσισαν την παράτασή της για ακόμη 7 μήνες. Το διαστημόπλοιο κατέβηκε αρχικά στα 30km και στην συνέχεια στα 10km από την επιφάνεια της Σελήνης με σκοπό την πραγματοποίηση λεπτομερέστερων παρατηρήσεων.

Ανάμεσα στα πρώτα δεδομένα που συνέλεξε το Lunar Prospector (κυρίως από τον φασματογράφο νετρονίων) υπήρχαν στοιχεία που υποδείκνυαν την ύπαρξη σημαντικών ποσοτήτων πάγου στους πόλους της Σελήνης. Για την επιβεβαίωση αυτής της πιθανότητας, στο τέλος της αποστολής το διαστημόπλοιο αποφασίστηκε να κατευθυνθεί και να συντριβεί σε κάποιο επιλεγμένο σημείο που πιθανότατα υπήρχε συγκεντρωμένος πάγος. Με αυτόν τον τρόπο, μέσω γήινων παρατηρήσεων, θα αναλυόταν η σύσταση των αερίων που θα εκλύονταν από την πρόσκρουση και τα οποία πιθανόν να περιείχαν ιόντα υδροξυλίου, χαρακτηριστικά για την ύπαρξη πάγου. Το σημείο που επιλέχθηκε για την ελεγχόμενη πρόσκρουση του Lunar Prospector ήταν ένας κρατήρας στον Νότιο Πόλο του φεγγαριού. Τελικά από τις παρατηρήσεις δεν ανιχνεύθηκαν ενδείξεις σκόνης από την πρόσκρουση, αφήνοντας το ερώτημα ύπαρξης πάγου στην Σελήνη ανοικτό. Πάντως η αποστολή χαρακτηρίστηκε από μεγάλη επιτυχία αφού τα στοιχεία που συνέλεξε ήταν 10 φορές καλύτερα από τα αναμενόμενα.